O Nautilus não suporta a alteração automática de configurações com base no diretório. Você pode usar Ctrl + H para alternar manualmente entre mostrar ou não os arquivos ocultos (geralmente conhecidos como dotfiles), mas o Nautilus não pode ser configurado para alternar automaticamente essa opção.
No entanto, se você estiver usando um sistema de arquivos em sua unidade flash que suporta links simbólicos (não FAT32 ou NTFS), poderá solucionar o problema desta maneira:
cd /path/to/your/flash/drive
ln -s .Trash Trash
Dessa forma, você terá um diretório não oculto onde poderá verificar facilmente o conteúdo da sua lixeira.