Há uma ampla variedade de botões de ejeção de hardware para unidades ópticas. Alguns deles enviam um sinal de software, para que o sistema operacional saiba que o disco foi ejetado. Alguns deles não fazem isso. Parece que seu novo sistema tem uma unidade óptica que se enquadra na última categoria. Como as unidades ópticas tendem a ser mídias lentas e somente de leitura, há uma grande chance de que o sistema operacional tenha armazenado em cache alguns dos dados se você os estivesse usando. Remover o armazenamento subjacente sem limpar o cache pode não resultar na indisponibilidade imediata dos dados (embora haja uma strong chance de que apenas alguns arquivos, ou mesmo algumas partes dos arquivos permaneçam disponíveis sem a mídia).
A solução simples é sempre dizer ao software para ejetar, em vez de usar o botão de hardware. Você também pode procurar dispositivos de entrada alternativos que possuam um botão de ejeção (alguns teclados, ou conecte um botão especial como um dispositivo de entrada, etc.). O último recurso seria trocar sua unidade óptica por outra.
No caso de você ter removido um disco sem desmontar, deve ser seguro desmontá-lo do software independente da remoção da mídia. Algumas unidades reexaminam automaticamente quando isso é feito: outras são ejetadas fisicamente e precisam ser reinseridas.