De acordo com o manual , tente adicionar um tipo de dados após -t assim, assim:
gconftool-2 --type list --list-type string --set /apps/gnome-screensaver/themes '[screensavers-xyz]'
Por exemplo, algo como:
gconftool-2 --type list --list-type string --set /apps/gnome-screensaver/themes '[screensavers-personal-slideshow]'
ou
gconftool-2 --type list --list-type string --set /apps/gnome-screensaver/themes '[screensavers-cosmos-slideshow]'