De acordo com o gerenciador de pacotes Debian schedtool pode fazer isso. (No entanto, é uma ferramenta de linha de comando)
Não sabe de nenhuma ferramenta de GUI.
Este artigo link indica que o Linux estava atrasado para o jogo de configuração de afinidade de cpu. Também com os kernels 2.5 e mais recentes, o efeito pingue-pongue não está presente, os processos tendem a permanecer na mesma cpu. Portanto, a configuração da afinidade da CPU pode não ser necessária.