As duas ferramentas atendem a propósitos bastante diferentes, portanto, não está claro que ter uma única interface do usuário abrangendo ambos os casos de uso seria uma vitória.
A atualização do seu sistema deve ser uma operação simples e direta, ou você corre o risco de não fazer isso e deixar o sistema em risco. Então, não acho que complicar a interface do Gerenciador de Atualizações seja uma melhoria.
Agora, no lado de backend, faz sentido compartilhar código, já que as tarefas de backend das duas ferramentas estão relacionadas. E, de fato, eles compartilham código através do backend aptdaemon
.