Você pode usar o imagemagick como sugerido acima.
convert input.png -channel Alpha -evaluate Divide 2 output.png
Este comando irá alterar a transparência de toda a imagem (-channel Alpha) para 50% (Divide 2)
Você pode usar "-transparent white" em vez de "-channel Alpha" para alterar apenas a transparência da cor branca.
Existem muitas outras opções, como alterar a transparência de apenas uma cor, etc.
Você pode usar isso em vários formatos de imagem.