Aqui está o comando que você está procurando:
%s/^[^#]\+/\=toupper(submatch(0))/
Veja:
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:help tolower()
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:help sub-replace-special
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:help sub-replace-expression
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:help submatch()
Usando o gVIM no XP
Como posso converter o lado esquerdo deste arquivo em minúscula, mantendo o lado direito inalterado?
%s/**what goes here?**/g
CONVERTTOLOWERCASE###Keep CaSe
AAAA###AeiOu
BBBB###qWerTy
Resultados desejados
converttolowercase###Keep CaSe
aaaa###AeiOu
bbbb###qWerTy
Tags gvim find-and-replace