Por padrão, o MSE não deve executar uma varredura toda vez que você inicializar. É possível que algo esteja removendo seu histórico de varredura, o que faz com que o MSE pense que você não realizou uma varredura.
Veja as informações que encontrei em Microsoft Answers , que eu achei útil.
Are you using CCleaner? Piriform has programmed it for some reason to remove part of the MSE History files and it's deleting the files MSE checks to determine the last time a scan was conducted.