Eu tenho exatamente a mesma configuração do monitor físico e o mesmo problema irritante!
Eu meio que resolvi isso arrastando o painel superior para o topo da tela LCD.
MAS para mover o painel superior para o topo da tela LCD, primeiro você precisa desmarcar a caixa de seleção "Expandir" nas propriedades dos painéis ( clique com o botão direito do mouse no painel para acessá-los).
Então você pode grag & solte o painel até a parte superior da tela LCD e, quando ele estiver na janela, ele não se sobreporá às janelas normais de aplicativos.