Eu tenho um problema semelhante com um SSD externo. Pode ser inicializado somente a partir do disco interno. O sistema não inicializa se o disco externo não estiver conectado.
Acabei de encontrar o bootinfoscript e recebi alguns resultados engraçados (não relevantes para serem publicados aqui) - mas pelo menos está dando uma pista de que meus pensamentos e pensamentos são totalmente diferentes.
Talvez a ferramenta seja útil para você.