Talvez seja uma questão do UAC. Tem certeza de que seu usuário tem direitos de administrador?
Além disso, taskkill pode ser usado para enviar alguns sinais diferentes aos processos. Acredito que usar o padrão taskkill informa ao processo para limpar seu espaço (bem como solicitar arquivos não salvos, se necessário) e encerrar "normalmente". Se isso não puder ser feito por algum motivo, você taskkill /F terminará o processo com força.
