WAMP inclui o Apache, então instalar ambos aparentemente causou alguma confusão e você conseguiu os dois. O problema da subpasta pode ser uma questão de permissões de pasta.
Opcionalmente, você pode tentar retornar a um sistema limpo. Isso não é obrigatório, já que o Apache está funcionando. Mas se você quiser tentar, primeiro desinstale tudo, talvez usando o Revo Uninstaller Freeware, e até mesmo faça a restauração do sistema em um momento em que ambos não foram instalados.
Apenas fique atento ao fato de que o monkeying com a restauração do sistema pode causar problemas profundos se você ou o Windows tiverem instalado qualquer outra coisa além do WAMP e do Apache. Eu próprio tento evitá-lo, se possível, mesmo à custa de um produto ligeiramente mal instalado.
Você precisa usar o WAMP, já que você quer fazer o desenvolvimento do PHP, então assegure-se de que esteja instalado e funcionando.
Você pode usar o NetBeans para trabalhar diretamente nos arquivos do seu computador local na pasta www do Apache e, em seguida, testar usando o navegador no host local. Eu sugiro usar o Firefox com o Firebug para depuração. A única complicação aqui são as permissões de pasta.
Você pode usar o NetBeans para implantar seu aplicativo diretamente no servidor remoto.
Veja este artigo: Implantando um aplicativo PHP em um servidor Web remoto usando o NetBeans IDE .