O htaccess é um arquivo de configuração por diretório que o Apache lê, o Apache é um software de servidor da web que usa o protocolo HTTP. O HTTP geralmente opera na porta 80.
O FileZilla é (pelo menos principalmente) um cliente de transferência de arquivos usando o protocolo FTP. O FTP geralmente opera na porta 21.
Você pode estar confuso (se não, por favor, explique mais).