Isso não é suportado como uma função central do SO.
Mas um conceito semelhante é possível da seguinte forma: Você sempre pode armazenar vários documentos em uma estrutura de arquivo zip e dar a ela uma extensão diferente de .zip e registrar essa extensão em seu aplicativo. Internamente, a estrutura do documento usa o algoritmo zip padrão, mas os usuários não precisam se preocupar com isso.
Um exemplo é java .jar, que na verdade são arquivos zip, mas manipulados pelo Java runtime.
O fato de um usuário ver a extensão do arquivo é baseado nas configurações selecionadas em Opções de pasta > Ocultar extensões de ficheiros conhecidos.