Parece que todos esses pontos de junção eram inválidos, pois todos os arquivos pareciam vazios quando abertos e Junction
informaram UNKNOWN MICROSOFT REPARSE POINT
para todos eles.
Eu consegui excluí-los usando o seguinte comando do diretório base do problema, neste caso C:\Users\TEMP.000\
del /s /al /f /q *.*
Depois de fazer isso, posso excluir todas as pastas como de costume.