Você poderia apenas fazer
alias make="/usr/bin/make -j3"
Existe alguma maneira de configurar o sistema ou o usuário que faz sempre usar o parâmetro -j3?
Crie um script chamado make que chame o make real com -j3 e, em seguida, os outros parâmetros da linha de comando. Modifique seu caminho para que o script seja encontrado antes da criação real ou renomeie a criação real para /usr/bin/make.real e coloque seu script em /usr/bin .