Você pode instalar o Windows mais tarde. Não deve haver problema nisso. Há muitos tópicos na Internet cobrindo o cenário de inicialização dupla do Windows / Ubuntu ou do Windows / Linux. Este é da ajuda do Ubuntu link
No que diz respeito à questão do formato da partição, quase todas as distribuições Linux podem lidar com todos os tipos de sistemas de arquivos comumente usados, incluindo FAT32 e NTFS. O Windows, por outro lado, não entende os sistemas de arquivos EXT3 ou EXT4 que são mais comuns nas distribuições Linux. Portanto, se você quiser instalar o Windows mais tarde e quiser acessar o all do seu disco rígido em ambos os sistemas operacionais, escolha o Fat32 ou o NTFS, pois o Linux e o Windows podem manipulá-los.
Uma solução melhor seria usar ext3 para partição Linux e NTFS para partição Windows e ter uma terceira partição para arquivos / dados comuns e formatá-la para Fat32 ou NTFS .