A maneira mais fácil que eu conheço é executar xev para encontrar o código-chave da sua chave do Windows (no meu teclado, é 133, mas é provável que seja diferente da sua), então encontre os nomes de keysym para as janelas key e Alt Gr (novamente, xev pode ajudar aqui, assim como /usr/include/X11/keysymdef.h , que está em x11proto-core-dev no Ubuntu). Para usar xev , basta executá-lo a partir da linha de comando, depois pressionar a tecla de seu interesse e ver a saída.
Acho que Alt Gr é Alt_R ou ISO_Level3_Shift (a tecla "Alt Gr" no meu teclado está mapeada para o segundo, mas minha tecla "Alt" esquerda está mapeada para Alt_L ).
Em seguida, você pode colocar algo como o seguinte no arquivo de inicialização do seu shell, por exemplo, ~/.bashrc (uma alternativa é .xmodmaprc ):
xmodmap -e 'keycode 133=Super_L ISO_Level3_Shift'
Veja man xmodmap para mais, e estas páginas:
Uma maneira diferente de fazê-lo no Ubuntu pode ser via System- > Preferências- > Teclado- > Layouts- > Opções ... Pessoalmente, eu nunca tenho certeza do que significam todas essas palavras ("Alt e meta estão em alt keys "?).