A melhor maneira de trabalhar via SSH é executar um multiplexador de terminal como a tela. SSH em como normal, inicie uma sessão de tela. Se você deixar cair a sua conexão apenas o SSH de volta e reconectá-lo à sessão já em execução. A tela também permite que você compartilhe uma sessão, divida sua tela várias vezes e desconecte uma sessão e reconecte-a com seus programas enquanto você os deixou.
Se o seu processo de SSH estiver bloqueando, ou algo mais, então você tem um problema maior do que eu estou abordando.
Aqui estão mais algumas informações sobre o uso da tela. Wiki .