Para minha experiência, existem alguns problemas que não podem ser facilmente superados em instalações Wubi. Estes vêm principalmente do sistema de arquivos Wubi virtual que reside no sistema de arquivos do Windows. Se algo der errado com o seu disco rígido, provavelmente todos os seus arquivos do Ubuntu estão completamente perdidos. Recuperar sistemas de arquivos criptografados é quase impossível nas instalações do Wubi.
Além disso, houve problemas na atualização anterior das instalações do Wubi.
Para evitar isso, é melhor que o IMO tenha uma instalação adequada do Ubuntu em uma configuração de inicialização dupla ou, se você não precisar muito do Windows, execute o Windows em uma máquina virtual dentro do Ubuntu e compartilhe arquivos armazenados em o sistema de arquivos do Linux.
Existem muitas receitas de como migrar uma instalação do Wubi para uma instalação adequada do Ubuntu. No entanto, você pode achar mais conveniente e menos demorado fazer o backup e restaurar sua pasta / home quando não tiver instalado muitos pacotes de software não padrão.