Truecrypt não é a solução para um sistema Ubuntu criptografado, LUKS é a solução Ubuntu para criptografia de disco. Você pode usar o CD do instalador alternativo para ativá-lo em uma nova instalação.
Observe que uma partição criptografada ainda pode ser destruída, a criptografia impede o acesso não autorizado a arquivos, mas não a protege de danos. Se a confiabilidade dos dados é realmente um problema, considere comprar outro HDD (externo / interno) para instalar o Ubuntu / Vista nele. Lembre-se de colocá-lo em um lugar seguro, no entanto.