Não recomendo o FTP por SSL, pois é complicado e posso exigir a compra de certificados SSL. Também pode ser difícil configurar corretamente. (Algumas pessoas confundem SFTP / FTPS).
SFTP não é o mesmo que FTP / S; o último implementa o protocolo FTP original por meio de um túnel seguro criado separadamente.
Vá com SFTP (às vezes chamado SCP) é a transferência de arquivos por SSH. Você pode obter clientes e servidores gratuitos ou pagos para Windows, Linux e Mac para SCP - por exemplo, WinSCP ou Cyberduck .
Você pode instalar um servidor SSH no Windows usando cygwin ou você pode pagar por um .
Para manter os arquivos separados, você pode querer escrever um trabalho Cron (ou o equivalente do sistema operacional) que verifique os arquivos carregados e, em seguida, mova-os para fora da pasta. Essa é a única maneira que posso pensar para fazer isso se todos vão compartilhar o mesmo login. Caso contrário, você terá que prenda todos e dê a cada um deles seu próprio login.