Não tem certeza de qual problema específico pode ser, mas tente o seguinte:
sudo apt-get install dosfstools
Isto lhe dará algo como os utilitários de verificação de disco padrão para o Linux que (como afirma o manpage) funcionam em partições FAT16 / 32. Uma vez instalado, você pode obter algumas informações sobre eles através de:
man dosfsck
Eu nunca usei isso sozinho, então não sei o quão efetivo ou abrangente eles são, mas se um Ubuntu Live CD for de alguma utilidade, eu começaria por lá.
Se os dados no disco em questão são muito valiosos - ou seja, muito dinheiro pode ser perdido se ele morrer -, então você pode querer encontrar um especialista em recuperação de dados.
Boa sorte!