Se você estiver usando o gnome-terminal, você pode usar o "script" para registrar tudo em um terminal como mencionado aqui . Se você está usando o Konsole, eu acho que você pode acertar (não tem um sistema para checar)
Edit->Save History As
Deveria haver um patch para o gnome-terminal para permitir o mesmo, mas não sei se já foi implementado. Caso contrário, você pode simplesmente destacar o que deseja e salvá-lo no buffer e, em seguida, abrir seu editor favorito.