Eu trabalhei nisso, para quem estiver interessado.
NOTA: Eu estou usando as decorações da janela Radiant-Mate, que foi o culpado mantendo certos elementos verdes.
Edite o arquivo
/usr/share/themes/Radiant-MATE/gtk-2.0/gtkrc
Edite esta linha
gtk-color-scheme = "base_color:#ffffff\nfg_color:#4c4c4c\ntooltip_fg_color:#ffffff\nselected_bg_color:#87A752\nselected_fg_color:#FFFFFF\ntext_color:#3C3C3C\nbg_color:#f6f4f2\ntooltip_bg_color:#000000\nlink_color:#A7BB85"
Alterar selected_bg_color:#87A752
para selected_bg_color:#4C5F6C
Edite este arquivo
/usr/share/themes/Radiant-MATE/gtk-3.0/gtk-main.css
Alterar @define-color selected_bg_color #A7B885;
para @define-color selected_bg_color #4C5F6C;
Abra a pasta /usr/share/themes/Radiant-MATE/gtk-3.0/assets
Encontre os ícones para os vários marcadores e edite-os no gimp para alterar o verde para azul.