Se eu entendi sua pergunta, wget deve funcionar bem. Mesmo que as páginas de destino sejam CGI, o wget não se importa, desde que você esteja falando sobre links regulares, onde os parâmetros são passados via HTTP GET.
O maior problema é que seu espelho será estático, enquanto o site original é presumível dinâmico. Se você quiser espelhar o comportamento dinâmico do site, você precisa ter a fonte CGI.