Apenas certifique-se de particionar sua unidade conforme recomendado para o SO em questão e instalar na partição adequada. Instale o carregador de inicialização (GRUB2) para o Ubuntu na partição que está montada em / e, em seguida, adicione uma entrada no carregador de inicialização do Windows para apontar para a nova partição.
Eu tive problemas com a instalação do Ubuntu após o Windows, o GRUB foi instalado na partição do Windows e o Windows "corrigiu" isso reinstalando a tela de inicialização do Windows. Acabei adicionando uma entrada para a configuração de inicialização do Windows que aponta para a nova partição do Ubuntu e está funcionando bem.
Tenha cuidado!