Como jcrawfordor aponta, é porque os programas Java são lançados pelo "Java For Windows". (javaw.exe)
Eu descobri uma solução alternativa - adaptada de aqui :
(Eu não tenho o Eclipse.exe atualmente instalado, então eu estou supondo o nome do arquivo do Eclipse nos exemplos, e não testei isso pessoalmente. :))
- Navegue até seu diretório Java em Arquivos de programas.
- Faça uma cópia do arquivo 'javaw.exe' e renomeie-o para o nome do programa (por exemplo, Eclipse.exe).
- Crie um novo atalho para o novo arquivo, além de um parâmetro (que será o local do arquivo JAR do seu programa) %código%
- Clique com o botão direito do mouse no ícone e, em suas propriedades, escolha "Alterar ícone" e escolha o ícone do seu Eclipse (para usar em vez do ícone do Java).
- Clique com o botão direito do mouse no atalho e escolha Fixar na barra de tarefas.
Agora você deve ter o ícone do seu programa na barra de tarefas e, se você o abriu, ele não será duplicado.