O Acrobat permite que você salve um nível de zoom padrão (parte das propriedades do PDF, que parecem passar de versão para versão).
Outra opção seria aumentar o tamanho do texto da página da Web de origem e, em seguida, convertê-lo em PDF. Talvez seja necessário usar o recurso "Imprimir em PDF" do Acrobat em vez de criar um PDF em um site (fornecendo o URL para o Acrobat ou com o suplemento do navegador da Web) para que isso funcione.
Por fim, as configurações "criar PDF da página da Web" do Acrobat permitem que você defina o tamanho básico da fonte. Isso pode funcionar, dependendo de como a página da web é projetada.