Verifique sua versão do Xcode. Eu vi os mesmos alertas de erro depois de instalar o Lion, quando eu tinha o Xcode 3 (3.2.5) instalado no Snow Leopard antes de atualizar. Desinstalar o Xcode ajudou-me - agora estou prestes a instalar o 4.1 na App Store.
Para desinstalar o Xcode, faça isso no Terminal:
sudo /Developer/Library/uninstall-devtools --mode=all
Espero que isso ajude.