Não há como você conseguir inicializar isso a partir do disco rígido. A configuração do msconfig que você mudou está no bootloader. Assim, o kernel empacota logo na inicialização.
Você terá que inicializar a partir de um DVD e substituir o gerenciador de inicialização.
A configuração que você altera é uma configuração de depuração. Por padrão, o Windows usa todos os seus núcleos. Essa configuração foi usada inicialmente para solucionar problemas da camada HAL, pois há duas HALs diferentes para processadores únicos e multicore.
Eu imploro que você leia o technet da Microsoft ou receba alguns conselhos antes de começar a mexer nas configurações do MSconfig. . .