Estou pegando as respostas nos comentários para a pergunta aqui.
snapcraft tem um plug-in nodejs que facilita muito o empacotamento. Você pode passar node-packages , que são então empacotados com o aplicativo. O uso do arquivo package.json padrão também funcionará.
Você também pode especificar node-engine , que definirá a versão do nodejs em que você deseja que o snap seja executado.
Um exemplo simples disso pode ser encontrado no código snapcraft . Outro usando grunhido pode ser encontrado no parque de diversões rápido .