Você pode conseguir usar comandos xmodmap :
remove mod4 = Super_L
keysym Super_L = Control_L
add Control = Control_L
Salve as linhas acima como super_as_ctrl.xmodmap
. Teste executando
xmodmap super_as_ctrl.xmodmap
Para tornar a alteração permanente (sobreviver ao novo login / reinicialização) basta renomear o arquivo para .Xmodmap
em sua pasta pessoal.
(testado no sistema live do Ubuntu 14.x)
PS: Você também pode usar outro botão do Windows. Não sei como fazer isso.