Você pode ajustá-los através dos arquivos .desktop
(principalmente) na pasta /usr/share/applications/
e você precisa de privilégios de Root / Admin para essa finalidade.
Por exemplo, se você tem certeza, eles são duplicados e este é o que você não quer, você pode abrir o arquivo unity-control-center.desktop
lá, e - como um método mais seguro - basta adicionar a linha Hidden=true
e / ou NoDisplay=true
em vez de excluí-lo.