Já enfrentei um roteador Linux que não encaminhava mais de 100kB / s para cada conexão.
O problema era que a interface Ethernet para o equipamento ISP estava configurada para half duplex. Corrigido desabilitando a negociação automática e forçando manualmente o full duplex. Isso pode ser feito via ethtool:
sudo ethtool -s eth1 speed 100 duplex full autoneg off