IIRC, todos esses arquivos possuem tags mp3 / aac válidas.
iTunes - O iTunes pode, na verdade, fazer tudo o que você deseja - você os importa, consolida o banco de dados, verifica a opção de copiar o arquivo para a pasta de músicas do iTunes. Então esses arquivos são colocados em pastas [nome do artista] [nome do álbum] [número da faixa] [nome da faixa]. [Ext] automagicamente.
Foobar2000 - O componente de operações de arquivo incluído possui esse recurso. Tente. É uma atualização considerável do antigo componente do masstagger.