Normalmente, se você está comprando componentes prontos, não é possível fazer isso.
Você pode perguntar ao fabricante se ele pode fornecer uma versão com esse recurso desativado.
Além disso, eu sei que a Intel para seus conselhos tem o Intel Integrator Toolkit que faz o que você quer - então você pode apenas querer se juntar aos programas de parceria das empresas que você usa na chance de que eles tenham ferramentas similares.
Dito isto, não há nada que os impeça de reflashing. A única coisa 100% certa que você pode fazer é comprar peças que não permitem isso - por exemplo, Intel H67 em vez de placas P67.