Você precisará fazer duas coisas:
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Configure seu BIOS para inicializar a partir da unidade USB antes do disco rígido. Dessa forma, quando a unidade USB não estiver instalada, o processo de inicialização voltará a ser inicializado a partir do disco rígido.
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Instale um gerenciador de inicialização (como o GRUB ou o System Commander, se o GRUB não puder fazê-lo) no disco rígido USB e adicione uma opção para inicializar a partir do disco rígido.