Você tem duas pastas de aplicativos diferentes. Há ~ / Applications, que é o único em seu próprio diretório, e é para aplicativos que você deseja instalar apenas para seu uso. Há também o / Applications, que é a pasta principal do aplicativo, para uso de todos os usuários na máquina, e é onde a App Store e os aplicativos que possuem instaladores normalmente se instalam.
Parece que você copiou tudo de / Applications para ~ / Applications, e eu recomendo que você exclua tudo de ~ / Applications (depois de verificar se ainda está tudo em / Applications) e manter todas as suas aplicações em / Applications.