Para editar arquivos no FileZilla, basta clicar com o botão direito no arquivo que você deseja editar. Deve estar no menu de contexto.
No entanto, existe uma maneira alternativa:
Quando edito meu site por meio do FileZilla, faço o download do (s) arquivo (s) em questão para o meu computador. Depois de baixar o arquivo, você pode editá-lo como um arquivo normal. Eu faço assim para poder escolher o programa de edição que eu quero. (Às vezes, o FileZilla tem um padrão que eu não gosto.)