Nada a ver com os PNGs, o IE está interrompido por causa de duas linhas nos arquivos pages.css. Se você removê-los, o site está bem. Eu acho que até o IE não gosta de coisas da web proprietárias da MS.
filtro: progid: DXImageTransform.Microsoft.gradient (startColorstr = # cc000000, endColorstr = # cc0000 00); -ms-filter: "progid: DXImageTransform.Microsoft.gradient (startColorstr = # cc000000, endColorstr = # cc000000)";