Pergunta interessante. Eu já estava procurando por aplicativos semelhantes em execução no Windows ou no Linux para modificar as configurações do BIOS a partir do Windows / Linux. Isso pode ser útil em ambientes onde nenhum acesso ao console é possível (servidores remotos).
Infelizmente, parece que não existe uma ferramenta genérica que ainda seja mantida. Na verdade, é possível editar o CMOS do Windows ou Linux, mas isso requer conhecimento sobre estruturas de dados que dependem do BIOS e das opções de ROMs usadas pelo AFAIK. Portanto, seria muito difícil criar uma ferramenta genérica que defina corretamente as configurações CMOS compatíveis com o seu hardware.
Costumava haver um software chamado WinBIOS, que pode pelo menos realizar algumas operações básicas, como restaurar as configurações padrão do Award, Ami e Phoenix. No entanto, eu não sei sobre as versões do Linux.
Eu considero muito perigoso mexer nos dados CMOS do sistema operacional sem saber a especificação exata de como os dados são armazenados (supondo que cada versão e marca do BIOS tenha estruturas diferentes).