A melhor coisa que você pode fazer, como o link entre os dois servidores não é um link 'confiável' (isto é, conexão dedicada, mas sujeito a interrupções de terceiros) é criar o arquivo localmente na caixa do Ubuntu e então copiar para a máquina Windows quando estiver completa.
A montagem de sistemas de arquivos ou compartilhamentos em um link não confiável pode causar muitos problemas com o congelamento de sistemas, pois eles tentam acessar um sistema de arquivos que não está lá, etc.
O programa que eu recomendaria para copiar os dados depende de quão sensíveis são os dados.
Se você não estiver preocupado em criptografar os dados ou se já tiver a criptografia em vigor (por exemplo, uma VPN), o programa smbclient , que funciona muito como o FTP, mas em compartilhamentos do Windows, provavelmente seria o mais fácil :
$ smbclient '\server\share' -I <ip address> -A /path/to/authentication/file -c "put myfile.dat"
Ou algo similar. A página de manual do smbclient pode ser encontrada aqui
Se você estiver mais preocupado com a segurança, recomendamos instalar um servidor SSH na máquina Windows e usar scp para copiar o arquivo.