O que eu teria feito é inicializar no modo de segurança e examinar quais programas, serviços e extensões de shell estão instalados usando uma série de ferramentas como Autoruns , HijackThis e ShellExView (e Services.msc).
Dessa forma, eu seria capaz de desativar tudo o que fosse suspeito e ativá-los um por um (frustrantemente, reiniciar cada vez) para diminuir exatamente o que está causando o problema.
Agora que o Windows está em execução, você pode tentar um programa como Soluto para descobrir o que está causando o atraso.