No Windows 7, há um Agendador de Tarefas embutido [1]. Você poderia escrever uma classe Java (ou script Ant) que executaria a cada 5 minutos, por exemplo, verificar os arquivos nessa pasta e executar uma ação em qualquer arquivo nela.
Claro, isso implica um certo atraso no processamento do arquivo; e se você reduzir o atraso, provavelmente terá que controlar o acesso simultâneo se duas instâncias do trabalho acabarem se sobrepondo, mas pode ser um começo.
[1] link
Veja também: Executar o script no Windows a cada n minutos