Incrível! Não consegui descobrir por dias, mas 20 minutos depois de postar aqui, meu cérebro funciona.
Meu ~ / .profile estava uma bagunça. a variável CAFFEROOT env foi definida como $(pwd) e, portanto, PYTHONPATH to $(pwd)/python .
Além disso, esta resposta ajudou-me a descobrir o mexer em ter que bater nos perfis.