Incrível! Não consegui descobrir por dias, mas 20 minutos depois de postar aqui, meu cérebro funciona.
Meu ~ / .profile estava uma bagunça. a variável CAFFEROOT
env foi definida como $(pwd)
e, portanto, PYTHONPATH
to $(pwd)/python
.
Além disso, esta resposta ajudou-me a descobrir o mexer em ter que bater nos perfis.