No Linux, o programa fdupes encontrará e listará arquivos idênticos em grupos, por exemplo
$ fdupes -r .
./My Pictures/Dad on boat/DadOnBoat.epp
./Pictures/My Pictures/Dad on boat/Dad on boat.epp
./My Pictures/avatar.jpg
./Pictures/My Pictures/smallavatar.jpg
(-r significa recursar,. é o diretório atual)
Você pode ter que usar qualquer ferramenta de gerenciamento de pacotes em seu sistema para encontrar e instalar fdupes.
Há também uma opção para solicitar que o usuário exclua arquivos e uma opção para excluir sem avisar.