Você disse que, teoricamente, não poderia ser um problema de hardware, porque estava tudo bem até agora. Infelizmente, isso não poderia estar mais longe da verdade. Hardware vai mal, e duplamente em laptops que são muito suscetíveis a danos por calor.
Na parte superior da minha cabeça: Pode ser o sistema operacional pausando enquanto aguarda em um disco rígido em dificuldades para acessar o swap ou algum outro arquivo. A memória é uma possibilidade também. Também poderia ser apenas calor causando erros intermitentes, mas não permanentes.
Eu fiz um diagnóstico de disco rígido de quem fabrica sua unidade, um teste de memória como o MemTest86, e possivelmente examino algum tipo de aplicativo de monitoramento de temperatura como SpeedFan ou Core Temp.
Se esse não for o caso, eu provavelmente desistiria e reinstalaria o sistema operacional como a próxima etapa de solução de problemas, apenas para eliminar a dificuldade de tentar descobrir um erro de software, se é que é isso.
Mas é só eu.