Não, você não perderá as configurações que foram configuradas pelo Webmin. O Webmin simplesmente fornece um front-end amigável ao usuário que modifica os arquivos de configuração para você e reinicia os serviços quando necessário. Ao desinstalar o Webmin, você está apenas removendo o frontend e quaisquer ferramentas incluídas nele, e não qualquer um dos serviços / configurações que ele controla.
A menos que o Apache e o PostgreSQL tenham sido instalados como um pacote com o Webmin, eles não desaparecerão do disco quando você executar a desinstalação:)