Infelizmente você não pode. Você só desativa o tempo para itens específicos, não o habilita.
Então, talvez, se o seu / var / www estiver em uma partição separada, você pode habilitar o atime (no fstab) para tudo neste ponto de montagem, então desabilitar recursivamente o atime para cada pasta raiz deste ponto de montagem menos 'var / www / vhosts / myfiles 'usando:
chattr -R +A /path/to/your/folder
o '+ A' é o atributo 'desativar atime'.
Mas só pode ser uma alternativa real se não houver muitas alterações nos diretórios / arquivos do FS (itens recém-criados não terão o atributo 'disable atime' definido.
Desculpe por não poder ajudar mais, mas realmente acho que é uma limitação do sistema.
Note que em versões recentes do kernel, você pode usar a opção de montagem 'relatime' (é o padrão, eu acho), que ainda atualiza o atime mas com muito menos frequência, então você não percebe o impacto no desempenho dele.